データ駆動型触媒設計 有機合成版PDB？／Toward a PDB-like database for organic synthesis
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機械学習の有用性に疑問の余地がなくなった現在、有機合成分野でのデータ科学の最重要課題のひとつとしてデータ基盤の整備、すなわちその中...
分子場解析
データ駆動型触媒設計 
データ駆動型触媒設計 触媒設計のためにDFT計算に必要なもの / What is required for catalyst design based on DFT calculations
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2024年のノーベル物理学賞および化学賞は機械学習手法の開発と応用に与えられました。アミノ酸配列からタンパク質の3次元構造を高精度で...
背景知識 記述子計算には汗をかこう？
前回までで不斉触媒反応の重回帰分析を論文化するために必要な基礎知識のうち、どのようなスタンスで反応を解析すればよいのか、また詳細なバックグラウンドとして重回帰分析のモデル構築・評価について議論しました。今回は有機合成化学者がオリジナルなデ...
背景知識 Rによる不斉触媒反応の重回帰分析2
前回はSigmanらの不斉触媒反応の重回帰分析をRで行いました。今回の記事では線形重回帰の背景にふれます。まずはこの記事で述べた単回帰における最小二乗法を示します。下図のように実験値\( y_i \)と予測値\( \hat{y}_i =\...
背景知識 Rによる不斉触媒反応の重回帰分析
前回までの記事では有機化学の回帰分析・データ科学の基礎であるHammett則についてみていくなかで、有機反応のデータ科学には長い歴史と積み重ねがあることを述べました。またこれまでに積み重ねられてきた有機反応のデータ科学の枠組みを用いて、有...
背景知識 Hammett則による反応機構解析
前回はHammett則等、回帰分析の基礎となる最小二乗法、最尤推定について述べました。この記事で述べたようにHammett σを記述子として用いた回帰分析により、有機反応の反応機構に関する情報を得ることができます。今回は、有機化学の教科書...
背景知識 Hammett則と最尤推定
前回は有機反応の少数サンプルの回帰分析の源流とも言えるHammett則についてふれました。今回はHammett則を例に、線形回帰について少し詳しくみていきます。
Hammett則では記述子(\(x\))としてσを、目的変数(\(y\...
背景知識 有機反応の回帰分析
本サイトでは分子場解析のノウハウの公開を中心に有機合成化学者が自力でデータ解析研究を立ち上げ論文化するために役立つ情報を提供していきます。論文を書くためには当たり前ですが、有機化学におけるデータ科学の背景知識が必須になります。本サイトでは...
背景知識 有機化学者が機械学習を用いた研究をはじめるのに共同研究は必要か？
人工知能・データサイエンスブームがはじまってからはや数年、自然科学研究においてもデータサイエンスは一過性のものではなく、研究に当たり前に使われる未来が容易に想像できるところまできているようにも見えます。筆者のまわりの有機化学研究者からも、...
分子場解析 はじめに
本ブログでは筆者が見出した分子場解析に基づくデータ駆動型触媒設計のための方法論に関するノウハウを公開していきます。現在のところ不斉触媒反応を対象としています。
不斉触媒反応における分子場解析とは、下図に示すように生成物の鏡像異性体比...